ถ้ำตองตั้งอยู่ในท้องที่ตำบลบ้านแปะ อำเภอจอมทอง บนดอยผาเลียบซึ่งเป็นภูเขาหินแกรนิตและหินปูนที่มีรูปร่างเหมือนถูกผ่าครึ่งแล้วแยกกันอยู่คนละฝั่งลำน้ำแม่แปะ